En la actualidad, la FPCEE ofrece 4 programas de doctorado en los ámbitos de la psicología, la pedagogía y las ciencias de la actividad física y el deporte:
Doctorado interuniversitario en Psicología de la educación. Cultura, educación y sistemas semióticos: programa de doctorado con Mención de Calidad regulado por el Real decreto de estudios oficiales de posgrado 56/2005
Doctorado en Psicología: análisis de los procesos psicosociales en contextos interactivos específicos: programa de doctorado con Mención de Calidad regulado por el Real decreto de estudios oficiales de posgrado 56/2005